Descripción del paquete

crbiodiversity es un paquete de R para buscar, descargar y visualizar datos de biodiversidad de Costa Rica.

install.packages("devtools")

Cargar el paquete:

library(devtools)

Loading required package: usethis

Luego proceder a instalar crgeo desde github:

devtools::install_github("ManuelSpinola/crbiodiversity")

y cargar el paquete:

library(crbiodiversity)

Además instalar estos otros paquetes:

devtools::install_github("ManuelSpinola/crgeo")

Skipping install of 'crgeo' from a github remote, the SHA1 (fa77fe6e) has not changed since last install.
  Use `force = TRUE` to force installation

devtools::install_github("ManuelSpinola/crgrids")

Skipping install of 'crgrids' from a github remote, the SHA1 (91428f93) has not changed since last install.
  Use `force = TRUE` to force installation

Ejemplo del uso de crbiodiversity:

library(tidyverse)
library(spocc)
library(sf)
library(crgeo)
library(crgrids)
library(crbiodiversity)

Buscar los registros del vampiro (Desmodus rotundus) con coordenadas geográficas para Costa Rica en los portales de datos GBIF e iNaturalist.

loc <- get_locations("Desmodus rotundus")

head(loc)

# A tibble: 6 × 6
  name                                 longitude latitude prov  date       key  
  <chr>                                <chr>     <chr>    <chr> <date>     <chr>
1 Desmodus rotundus (E.Geoffroy, 1810) -83.1347… 8.661736 gbif  2023-02-20 4062…
2 Desmodus rotundus (E.Geoffroy, 1810) -84.8279… 10.2934… gbif  2023-05-09 4116…
3 Desmodus rotundus (E.Geoffroy, 1810) -84.8125… 10.2931… gbif  2023-05-16 4121…
4 Desmodus rotundus (E.Geoffroy, 1810) -84.8126… 10.2931… gbif  2023-05-16 4121…
5 Desmodus rotundus (E.Geoffroy, 1810) -84.8006… 10.2946… gbif  2023-05-18 4129…
6 Desmodus rotundus (E.Geoffroy, 1810) -83.1452… 8.665005 gbif  2022-01-29 3466…

Obtener los registros como objeto sf:

loc_sf <- get_locations("Desmodus rotundus", sf = TRUE)

Warning: attribute variables are assumed to be spatially constant throughout
all geometries

loc_sf

Simple feature collection with 422 features and 5 fields
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -85.74977 ymin: 8.404115 xmax: -82.93747 ymax: 10.88139
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 422 × 6
   name                 prov  date       key   COUNTRY             geometry
 * <chr>                <chr> <date>     <chr> <chr>            <POINT [°]>
 1 Desmodus rotundus (… gbif  2023-02-20 4062… Costa … (-83.13474 8.661736)
 2 Desmodus rotundus (… gbif  2023-05-09 4116… Costa … (-84.82796 10.29348)
 3 Desmodus rotundus (… gbif  2023-05-16 4121… Costa … (-84.81257 10.29315)
 4 Desmodus rotundus (… gbif  2023-05-16 4121… Costa …  (-84.8126 10.29315)
 5 Desmodus rotundus (… gbif  2023-05-18 4129… Costa … (-84.80069 10.29467)
 6 Desmodus rotundus (… gbif  2022-01-29 3466… Costa … (-83.14525 8.665005)
 7 Desmodus rotundus (… gbif  2022-03-06 3712… Costa … (-85.61269 10.83528)
 8 Desmodus rotundus (… gbif  2022-04-19 3764… Costa … (-84.76723 10.48822)
 9 Desmodus rotundus (… gbif  2022-07-19 3947… Costa … (-84.00743 10.43339)
10 Desmodus rotundus (… gbif  2022-12-28 4011… Costa …  (-83.5344 10.58354)
# ℹ 412 more rows

Visualizar los registros del vampiro (Desmodus rotundus) en una grilla de 8km x 8km.

get_map("Desmodus rotundus")

Warning: attribute variables are assumed to be spatially constant throughout
all geometries

Para más información del paquete se puede visitar este enlace https://github.com/ManuelSpinola/crbiodiversity

Cómo citar

BibTeX

@online{spínola2023,
  author = {Spínola, Manuel},
  title = {crbiodiversity: un paquete de R para buscar, descargar y
    visualizar datos de biodiversidad de Costa Rica},
  date = {2023-06-19},
  url = {https://mspinola-ciencia-de-datos.netlify.app/posts/2023-06-19-crbiodiversity/crbiodiversity.html},
  langid = {es}
}

Por favor, cita este trabajo como:

Spínola, Manuel. 2023. “crbiodiversity: un paquete de R para buscar, descargar y visualizar datos de biodiversidad de Costa Rica.” June 19, 2023. https://mspinola-ciencia-de-datos.netlify.app/posts/2023-06-19-crbiodiversity/crbiodiversity.html.